Na początku lutego 1949 roku Wydział II Departamentu III MBP przystąpił do jego „opracowywania” jako kandydata na tajnego współpracownika. Gieysztor został zmuszony do złożenia 20 listopada 1952 roku kilkustronicowego opracowania zawierającego krytyczną analizę własnej postawy ideologicznej, poddając krytyce całą swoją dotychczasową działalność. Deklarował, że w ciągu ostatnich siedmiu lat przeszedł przemianę ideologiczną: zmianę podstaw myślenia, zmianę natury metodologiczno-ideologicznej […] w kierunku przyswajania i prób stosowania marksizmu–leninizmu w bieżącej praktyce badawczej i w życiu naukowo-organizacyjnym. Do próby werbunku Gieysztora nie doszło wskutek interwencji dyrektor Departamentu V MBP, płk Julii Brystygier.
Efektem rozmów odbytych w pierwszej połowie stycznia 1964 roku z Gieysztorem przez mjr. Kłosa, a następnie również naczelnika Wydziału VIII Departamentu I MSW było wyrażenie zgody przez Gieysztora na współpracę z wywiadem PRL w celu umożliwienia mu werbunku Tadeusza Żenczykowskiego. Gieysztor podjął współpracę z wywiadem, która z różnym natężeniem trwała do 1971 roku (formalnie została zakończona w 1975 roku)Tadeusz Paweł Rutkowski, Różne barwy przystosowania. Wokół działalności Aleksandra Gieysztora w PRL, [w:] Annales Universitatis Paedagogicae Cracoviensis Studia Politologica IX (2013) s.