Ważny wkład miał również w rozwój ziołolecznictwa. Rozwinął starą naukę o sygnaturze. Uważał, że Bóg dał ludziom lek (arcanum) na każdą chorobę i aby ułatwić im szukanie dodał odpowiednie znaki zewnętrzne (sygnatury). W związku z tym Paracelsus ordynował rośliny o liściach nerkowatych na choroby nerek, surowce żółte na żółtaczkę, a makówki na bóle głowy. Paracelsus opracował też metody przetwarzania surowców roślinnych tak, aby wydobyć z nich arcanum – dziś nazwalibyśmy je aktywnym składnikiem. Z tego względu uważa się go za ojca fitochemii i farmakognozji.
Posługiwał się astrologią, stosował również nowoczesne wówczas metody naukowe, takie jak doświadczenia i obserwacja pacjentów. Stosował dawkowanie leków, oraz leczenie różnych chorób odmiennymi specyfikami. Wprowadził szereg nowych leków, m.in. rtęć na syfilis, oraz szereg soli metali i opium. Wprowadził takie terminy fizykochemiczne, jak alkohol i gaz, jak i termin filozoficzny archeus.