W 1581 r. Kwaczała została wymieniona w historycznych dokumentach podatkowych. Była wówczas wsią biskupstwa krakowskiego leżącą w powiecie proszowickim w województwie krakowskim w Rzeczypospolitej Obojga Narodów. Znajdowało się w niej wtedy 20 łanów, 2 zagrodników, 1 zagrodnik bez roli, 8 komorników, 6 komorników bez bydła, 1 chałupnik oraz karczmaWojewództwo krakowskie w drugiej połowie XVI wieku ; Cz. 2, Komentarz, indeksy, Warszawa 2008, s. 100..
W XIX-wiecznym Słowniku geograficznym Królestwa Polskiego miejscowość dwukrotnie wymieniona została jako Kwaczała, wieś leżąca w powiecie chrzanowskim. W 1884 r. mieszkało w niej 1669 mieszkańców wyznania rzymskokatolickiego. Największą posiadłość we wsi 232 mórg roli, 411 mórg lasu posiadała Julia Patelska. Inne posiadłości liczyły w sumie 1198 mórg roli, 129 łąk i ogrodów oraz 385 mórg pastwisk. Ludność miejscowa zajmowała się oprócz rolnictwa także koszykarstwem, garncarstwem oraz wyrobem kapeluszy słomkowych.
W latach 1954–1972 wieś należała i była siedzibą władz gromady Kwaczała. W latach 1975–1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa krakowskiego.
Parafia św. Stanisława Kostki w Kwaczale została utworzona w 1983 roku. Kościół został poświęcony w 1988 r.