W 1886 roku John Jellicoe wsławił się osobistą odwagą, dowodząc załogą giga w akcji ratowniczej statku, który rozbił się na płyciźnie w pobliżu Gibraltaru.

Komandor W 1891 roku John Jellicoe został awansowany do stopnia komandora porucznika (Commander). W dwa lata później, będąc zastępcą dowódcy pancernika HMS „Victoria”, przeżył katastrofę swojego okrętu, który zatonął niedaleko Trypolisu po kolizji z HMS „Camperdown” z dużymi stratami wśród załogi. W 1897 roku John Jellicoe awansował do stopnia komandora (Captain). W 1900 roku wziął udział w brytyjskiej ekspedycji celem stłumienia powstania bokserów w Chinach, dowodząc przeddrednotem HMS „Centurion”. Ranny podczas walk, został za tę kampanię odznaczony Orderem Łaźni. W 1902 roku ożenił się z Florence Gwendoline Cayzer.

W latach 1902–1903 był asystentem Trzeciego Lorda Morskiego, admirała Williama Maya, następnie do 1904 roku dowódcą krążownika pancernego HMS „Drake”. Od końca tegoż roku powrócił do pracy w Admiralicji, zostając dyrektorem Departamentu Uzbrojenia (Director of Naval Ordnance).