Rozgrywka Podstawę rozgrywki stanowią etapy typu tower defense. Gracz rozmieszcza Operatorów na dostępnych polach planszy i wykorzystuje ich zdolności w celu uniemożliwienia przeciwnikom dotarcia do chronionego obszaru. Postacie przeznaczone do walki w zwarciu umieszcza się na polach naziemnych, natomiast jednostki dystansowe i wspierające na podwyższonych pozycjach.
Operatorzy pełnią różne funkcje bojowe. Część z nich blokuje ruch przeciwników, inne zadają obrażenia z dystansu, leczą sojuszników lub zapewniają efekty wsparcia. Każda postać posiada własne umiejętności, które można aktywować po spełnieniu określonych warunków. Rozmieszczenie jednostek, kolejność ich wystawiania i odpowiednie wykorzystanie umiejętności stanowią główne elementy taktyczne gry.
Ze względu na konstrukcję części poziomów Arknights bywa opisywane również jako gra logiczna. Julia Lee z serwisu Polygon zwracała uwagę, że szczególnie trudniejsze etapy często wymagają znalezienia konkretnego sposobu wykorzystania ograniczonych zasobów i możliwości dostępnych postaci. Gra pozwala na zatrzymywanie akcji, a podczas wydawania części poleceń czas zostaje spowolniony, przez co większe znaczenie ma planowanie niż refleks.