Podczas I wojny światowej część szpitala służyła za wojskowy lazaret. Niemieccy żołnierze trafiali do niego po wstępnym leczeniu w szpitalach przyfrontowych. Część personelu szpitala służyła na frontach jako sanitariusze. Po zakończeniu wojny przebudowano skrzydło szpitalne powstałe w XIX wieku. Szpital wyposażono w windę, zbudowano kaplicę pogrzebową oraz nową izolatkę. Ponadto posiadał generator spalinowy oraz baterię akumulatorów, dzięki którym w momencie awarii sieci uniezależniał się od elektrowni miejskiej. W okresie III powstania śląskiego w szpitalu funkcjonował lazaret dla rannych żołnierzy i ochotników. mały|Kompleks zakonu bonifratrów ze szpitalem (widoczna też Wieża Woka) (1920) Po wybuchu II wojny światowej szpital ponownie został zmilitaryzowany, a zakonnicy zostali powołani do Wehrmachtu jako sanitariusze. Lazaret w szpitalu bonifratrów był w stanie przyjąć kilkuset pacjentów. Posiadał filie w pałacu w Mosznej oraz w budynku szkolnym przy ul. Szkolnej w Prudniku. Po zajęciu Prudnika przez Armię Czerwoną w marcu 1945, w szpitalu bonifratrów utworzono szpital polowy dla żołnierzy radzieckich. Bonifratrzy zmuszeni zostali do opuszczenia klasztoru, zamieszkali w izolatce szpitala miejskiego. Rosjanie opuścili szpital 25 maja 1945, kradnąc z niego „wszelką bieliznę i ubrania”.