Działalność w powstaniu styczniowym i represje carskie W okresie manifestacji patriotycznych i wybuchu powstania styczniowego o. Pacyfik został skierowany do posługi duszpasterskiej w parafii w Ćmielowie jako wikariusz. Został najbliższym współpracownikiem proboszcza ćmielowskiego ks. Kacpra Kotkowskiego – komisarza pełnomocnego Rządu Narodowego oraz naczelnika cywilnego i wojskowego województwa sandomierskiego. Po aresztowaniu ks. Kotkowskiego przez Rosjan, o. Szpondrowski zarządzał parafią, kontynuując tajną współpracę z powstańcami i niosąc im pomoc duszpasterską.
Na początku 1864 roku został aresztowany przez władze carskie pod zarzutem działalności powstańczej i uwięziony na zamku w Sandomierzu. W raportach policyjnych carskiego naczelnika powiatu kieleckiego odnotowano, że jest duchownym „szkodliwym i politycznie nieprawomyślnym”, wskutek czego po zwolnieniu z aresztu oddano go pod jawny, ścisły dozór policji carskiej.
Pomimo policyjnego nadzoru, 26 lipca 1864 roku z inicjatywy ks.