Przyprowadzono do celi więziennej szesnastoletnią dziewczynę, by skłonić go do czynu przeciwko cnocie czystości.
W końcu milicjant Antonio Sánchez odciął duchownemu genitalia i oddał je Inés Cuenca Palomo „La Nonie”, która ułożyła je na talerzu i powiedziała: „Jeśli ma zostać księdzem, po co mu one?” (). Później dali je do usmażenia Frasquicie, karczmarce, ale zasłoniła twarz. Milicjant rzucił je psu, który ich nie chciał. Frasquita wysłała swojego syna Pepe, mówiąc: „Weź to i zakop w stajni, bo to świętego” ().
Juan odpowiadał torturującym: „Niech żyje Najświętsze Serce Jezusa!” () lub „Niech żyje Chrystus Król!” (). Według zeznań świadków był nieustępliwy. W Álorze zaczął wzrastać sprzeciw mieszkańców.
Nocą 15 listopada przewieziono młodego duchownego do Arroyo Bujía, półtora kilometra od stacji w Álora. Został położony w pobliżu mostu. Rozcięto go maczetą od dołu do góry. Wnętrze ciała napełniono benzyną, a następnie podpalono. Według świadków zbrodni wówczas powiedział: „Wybaczam ci i proszę Boga o wybaczenie… Niech żyje Chrystus Król!” (). Następnie szeroko otwarł oczy i dodał: „Teraz to widzę… Teraz to widzę!” (). Jeden z prześladowców pochylił się i zapytał: „Co widzisz?” () i wystrzelił w jego głowę. Pozostał niepochowany przez kilka dni, aż pewien mężczyzna zakopał zwłoki obok pobliskiego drzewa oliwnego.