W XVI wieku, po przejściu miasta noszącego wówczas nazwę Schwäbischwörth na protestantyzm, rozpoczął się konflikt między klasztorem a miastem. W wiosną 1606 roku doszło do siłowego przerwania procesji przez luteran, wskutek czego w następnym roku Rudolf II Habsburg odebrał miejscowości status miasta cesarskiego. Benedyktyni z Klasztoru Świętego Krzyża odegrali znaczącą rolę w rekatolicyzacji miasta, a wpływy klasztoru umocniły się po wojnie trzydziestoletniej.
7 lipca 1717 Rogerius Röls, opat Klasztoru Kaisheim, wmurował kamień węgielny pod budowę nowego kościoła klasztornego. Projekt świątyni sporządził , dekorację stiukową i ołtarz główny wykonał brat Josepha, , a autorem malowideł sufitowych jest . Prace budowlane trwały do 1722 roku, a w 1735 ukończono jego dekorowanie. Kompleks klasztorny rozbudowano pod koniec XVIII wieku na zlecenie opata Gallusa Hammerla w stylu rokokowym.