Odprawę graniczną osób, towarów i statków powietrznych wykonuje Placówka Straży Granicznej w Olsztynie. Natomiast odprawę celną wykonują organa Służby Celnej, tj. Oddział Celny w Olsztynie. Miejsce wyznaczone: Port Lotniczy Olsztyn-Mazury 12-100 Szczytno, Szymany 150. Kod jednostki: 371010. Jednostki nadrzędne: Warmińsko-Mazurski Urząd Celno-Skarbowy w Olsztynie – Izba Administracji Skarbowej w Olsztynie.
Od 10 kwietnia 2026 przejście, podobnie jak 70 pozostałych przejść granicznych w Polsce (drogowych, kolejowych, lotniczych i morskich) został objęty Systemem Entry/Exit System (EES) − zautomatyzowanym systemem informatycznym służący do rejestrowania obywateli państw trzecich podróżujących w celu pobytu krótkoterminowego za każdym razem, gdy przekraczają oni granice zewnętrzne krajów europejskich korzystających z tego systemu.
27 stycznia 1999 rozporządzeniem Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji zostało ustanowione dodatkowe lotnicze przejścia graniczne w Szymanach koło Szczytna.