Stawiane są hipotezy, iż po śmierci swego męża objęła tron jako Anchcheperure Semenchkare. Jednak Christian Loeben z Uniwersytetu Humboldtów w Berlinie odkrył, że Nefertiti nie była następczynią męża. Zrekonstruowana przez dr. Loebena figurka grobowa (uszebti), znaleziona w Amarnie, sugeruje, że zmarła wcześniej od męża. Na figurce widnieje napis, że przedstawia ona „wielką małżonkę królewską Nefertiti, oby żyła wiecznie”. Ponieważ została nazwana żoną Echnatona, można wnioskować, że nigdy nie była jego następczynią. Trudno jednak wykluczyć, że doszła do władzy jako regentka w imieniu małoletniego Tutanchamona.
Podobnie jak Echnaton pochowana została w jego nowej stolicy Achetaton (dosł. „horyzont Atona”, obecnie Amarna). Jednak ich grób został prawdopodobnie przeniesiony do Doliny Królów. Przypisuje się im grobowiec KV55, gdzie odnalezione szczątki zidentyfikowano jako należące do Echnatona. Dawniejsza hipoteza głosiła, że anonimowa mumia z grobowca KV35 w Dolinie Królów, zwana Młodszą Damą, należy do królowej Nefertiti. Najnowsze badania wykluczyły jednak tę teorię.
Po upadku kultu Atona i odnowienia kultu Amona większość posągów i inskrypcji jej męża zniszczono lub zatarto.