Szczególnym zainteresowaniem Bettelheima była psychiatria dziecięca, w tym autyzm dziecięcy. W swoich pracach odwoływał się do własnych doświadczeń z obozów koncentracyjnych, co widoczne jest m.in. w rozważaniach na temat identyfikacji z agresorem. Jego teorie dotyczące przyczyn autyzmu były dość kontrowersyjne – twierdził on, że dziecko autystyczne ze swoją apatią przypomina więźniów obozów koncentracyjnych – ucieka od niezwykle wrogiego świata. Zdaniem Bettelheima dziecko ucieka przed wrogością przekazywaną mu przez matkę. Bruno Bettelheim wysnuł teorię psychogennego podłoża autyzmu. Za zaburzenie to miały być odpowiedzialne „matki-lodówki”, które nie potrafiły kochać własnego potomstwa i nawiązywać z nim prawidłowej relacji.
Sformułował tezy na temat znaczenia baśni w wychowaniu i rozwoju dziecka: podstawą oddziaływania baśni na psychikę dziecka jest proces identyfikacji czytelnika z pozytywnym bohaterem; baśnie konfrontują dziecko z podstawowymi wewnętrznymi problemami życia, pomagają w rozpoznaniu trudności i od razu podają sposoby radzenia sobie z nim; baśnie sprawiają dziecku przyjemność, dostarczają mu objaśnień dotyczących jego psychiki i wspierają rozwój osobowości; pomagają w odkrywaniu jego osobowości i nadawaniu sensu życia; wspierają je w trudnościach związanych z psychologicznymi problemami dorastania i