Przytułek pełnił również funkcję pierwszego znanego miejskiego szpitala.
W 1454 roku zarządzanie szpitalem św. Nazariusza powierzono bractwu św. Antoniego Opata. Kościół św. Bassusa zachował odrębne wezwanie, lecz pozostawał funkcjonalnie związany z sąsiednim przytułkiem i jego kaplicą. Związek obu instytucji znalazł później odzwierciedlenie w wyposażeniu świątyni, w którym przedstawiano zarówno św. Bassusa, jak i św. Nazariusza.
Przekształcenia w XVII i XVIII wieku Aktualne materiały miejskie datują zasadniczy korpus budowli na XVI wiek. Możliwe, że w tym czasie wcześniejszą świątynię gruntownie przebudowano lub zastąpiono nowym obiektem, zachowując dotychczasowe wezwanie. W źródłach nie zachowały się jednak szczegółowe informacje o zakresie tej fazy prac ani nazwisku architekta.
W 1706 roku budynek został poświęcony jako kościół przez biskupa koperskiego Paola Naldiniego. Wydarzenie to wiązało się z uporządkowaniem jego funkcji sakralnej po okresie użytkowania części zespołu jako szpitala i przytułku.