Chociaż Schnee opowiadał się za zachowaniem neutralności kolonii, to jednak jego stanowisko nie znalazło poparcia ani w Berlinie, ani ze strony Paula von Lettowa-Vorbecka – dowódcy wojsk w Niemieckiej Afryce Wschodniej, który prowadził działania przeciwko siłom brytyjskim. Wkrótce doszło między gubernatorem a dowódcą do sporów dotyczących m.in. kompetencji władz cywilnych i wojskowych, mobilizacji rezerwistów oraz wykorzystywania ludności afrykańskiej do celów wojennych. Po niemieckim zwycięstwie w w listopadzie 1914 roku pozycja Schnee uległa osłabieniu, a już w 1916 roku faktyczna kontrola nad kolonią znajdowała się w rękach wojska. Wrócił do Niemiec na początku 1919 roku.
W okresie Republiki Weimarskiej zajmował się publicystyką oraz działalnością na rzecz odbudowy niemieckich wpływów kolonialnych. W 1919 roku ukazała się jego książka pt. Deutsch-Ostafrika im Weltkriege: Wie wir lebten und kämpften, natomiast pięć lat później napisał Die koloniale Schuldlüge, przetłumaczoną następnie na języki angielski, francuski, hiszpański i włoski.