jako gość w Instytucie Cesarza Wilhelma chemii fizycznej i elektrochemii.
19 maja 1933 roku, na mocy ustawy o przywróceniu zawodowej służby cywilnej, została przeniesiona w stan spoczynku ze względu na „niearyjskie pochodzenie”. Bezskutecznie odwoływała się, wskazując na patriotyczną działalność przodków. Po nocy kryształowej (9/10 listopada 1938) nasiliła starania o emigrację. 7 października 1939 roku wyjechała do Holandii, gdzie znalazła zatrudnienie w Instytucie Higieny Tropikalnej w Amsterdamie kierowanym przez Schüffnera.
W kwietniu 1943 roku zmuszona została do przeprowadzki do żydowskiej dzielnicy w Amsterdamie (Merwedeplein). 21 maja 1943 roku (według niektórych źródeł 20 maja) deportowano ją do obozu przejściowego Westerbork. Schüffner bezskutecznie próbował wyjednać dla niej specjalny status. Margarete Zuelzer zmarła z głodu 23 sierpnia 1943 roku w Westerbork w wieku 66 lat.
Jej siostra Gertrud, aresztowana we wrześniu 1942 roku po nieudanej próbie ucieczki do Szwajcarii i deportowana do Theresienstadtu, otrzymała od Margarete paczki z odzieżą i kredkami, dzięki którym rysowała portrety współwięźniów w zamian za żywność;