W dolnym biegu koryto Rižany zostało przekształcone w związku z osuszaniem terenów przybrzeżnych oraz rozbudową portu. Rzeka przepływa przez jego wschodnią część i uchodzi do Morza Adriatyckiego w Zatoce Koperskiej, na zachód od Serminu. Część wód może być kierowana kanałami w stronę Škocjanskiego zatoku.
Hydrologia Rižana jest rzeką krasową o silnie zmiennym przepływie, zależnym przede wszystkim od wielkości i rozkładu opadów. Jej średni roczny przepływ wynosi około 4,6 m³/s, jednak wydajność źródeł i ilość wody w korycie mogą znacznie zmieniać się w ciągu roku. Najwyższe przepływy występują zazwyczaj w miesiącach zimowych, natomiast najniższe latem.
Zlewnia powierzchniowa rzeki ma około 204,5 km², z czego znaczną część stanowią obszary krasowe. Wody opadowe infiltrują wapienne podłoże Čičariji i innych obszarów krasowych, a następnie przemieszczają się rozbudowanym systemem podziemnych szczelin i kanałów w kierunku źródeł Rižany. Krasowy charakter zlewni powoduje szybkie reakcje rzeki na opady oraz zwiększa podatność źródeł na zanieczyszczenia.
Do dopływów Rižany należą między innymi potok Hrastoveljski, Rakovec, Tinjanski potok i Žanestra.