W 1937 został głównym scenarzystą tygodnika „”, przyczyniając się do wzrostu jego nakładu z 18 tysięcy do 120 tysięcy egzemplarzy w ciągu zaledwie dwóch lat, ratując tym samym czasopismo przed bankructwem. W 1941, po przejęciu „L’Audace” (później „Audace”) przez wydawnictwo Mondadori, Bonelli wykupił tytuł i założył własne wydawnictwo Redazione Audace, które stało się zalążkiem przyszłej Editrice Audace (późniejszego Sergio Bonelli Editore).
W okresie II wojny światowej Bonelli schronił się w Szwajcarii, podczas gdy jego żona Tea i syn Sergio ewakuowali się do Ligurii. Po wojnie małżeństwo Bonellich rozpadło się: Giovanni Luigi osiadł w Genui, podczas gdy jego była żona i syn kontynuowali działalność wydawniczą. W latach powojennych współpracował z mniejszymi wydawnictwami, aż do 1947, gdy dołączył do niego . Wspólnie pracowali dla tygodnika „Cow Boy”, tłumaczyli francuskie komiksy takie jak Robin Hood i (stworzone przez studio ), a także tworzyli własne serie, w tym Giustiziere del West.