W 1958, we współpracy z Bignottim, stworzył pierwszą autorską do komiksu Un ragazzo nel Far West. W tym okresie pisał również niektóre odcinki , zwykle autorstwa . W 1960 wymyślił miniserial Il Giudice Bean, z rysunkami , oraz krótką historię Il ribelle, również zrealizowaną z Tarquinio. W tym samym roku nawiązał współpracę z , co zaowocowało powstaniem w 1961 jednej z jego najsłynniejszych postaci – Zagora. Bonelli pisał większość odcinków tej serii aż do 1980.
W czerwcu 1975 stworzył kolejną postać – , pilota samolotu Piper, póławanturnika, półwłóczęgę, którego przygody rozgrywały się w Południowej Ameryce lat 50. XX wieku. W 1977 napisał, do rysunków Aurelio Galleppiniego (znanego jako Galep), powieść graficzną L’Uomo del Texas, opublikowaną w serii Un uomo un’avventura. Później została ona wydana ponownie w zbiorze Il timoniere dei sogni, uzupełnionym o DVD z dokumentalnym filmem biograficznym Come Tex Nessuno Mai. Od lat 70. do 90. XX wieku Bonelli, naprzemiennie z ojcem, a później z i , pisał scenariusze do przygód Texa Willera. W 1985 był autorem ostatniego odcinka serii Il Piccolo Ranger, a w 1990 zainicjował miniserial River Bill, z rysunkami Francesci Gambi. Kontynuował również pracę nad Mister No, będąc autorem wszystkich ostatnich rozdziałów, opublikowanych między wrześniem 2005 a grudniem 2006.