Klasztor silnie ucierpiał podczas wojny trzydziestoletniej (lata 1618–1648), pozostało w nim tylko trzech kanoników, a jego ziemie zostały silnie wyludnione. W 1658 roku urząd prepozyta objął wezwany z Dionysius von Rehlingen, który sprowadził na te ziemie imigrantów z Tyrolu, Vorarlbergu i Szwajcarii. W 1670 roku rozpoczęto przebudowę korpusu nawowego kościoła wg projektu . Ołtarz główny z obrazem Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny oraz zdobiące sklepienie świątyni wykonał augsburski malarz , autorem ołtarzy bocznych jest , a ambony, stalli, balustrady empory i prospektu organowego – Ferdinand Zech. W 1684 roku zakonnicy z Klasztoru Schöntal podarowali opactwu relikwie św. Augustyna. W XVIII wieku części pomieszczeń klasztornych nadano wygląd rokokowy lub klasycystyczny.
Klasztor zlikwidowano w okresie sekularyzacji w 1803 roku. Mienie ruchome klasztoru zlicytowano, a jego zabudowania w następnych latach służyły jako urząd skarbowy, urząd leśny i plebania. Część zbiorów biblioteki przeniesiono w latach 1811–1812 do Dillingen an der Donau. W 1864 roku kompleks przekazano dominikankom, rok później osiedliły się tu siostry z . Zakonnice założyły szkołę podstawową dla dziewcząt oraz sierociniec (przeniesiony w 1905 do koło Mindelheimu).