Proces administracyjnego oddzielenia miasta i regionu od Isfahanu został przeprowadzony w latach 804-5 przez Haruna ar-Raszida. W okresie tym główną siłą religijną w mieście stali się wcześni szyici, ale źródła wspominają o istnieniu grup sunnickich i żydowskich.
Ogromne znaczenie dla późniejszej historii Komu miała śmierć w roku 817 Fatimy Masumy, siostry ósmego szyickiego imama Alego Rezy, która podróżowała razem z nim do Chorasanu. Fatima została pochowana w Komie, a miejsce jej pochówku przekształciło się z czasem w ważne sanktuarium.
W latach 825-26 w Komie wybuchł bunt przeciwko kalifatowi, spowodowany odmową kalifa Al-Mamuna obniżenia rocznego wymiaru podatku. Rewolta została zdławiona, a miasto zostało ukarane podniesieniem wymiaru podatku z 2 do 7 milionów dirhamów. W połowie IX wieku do Komu przenieśli się przekaziciele hadisów, co miało wpływ na wzrost znaczenia Komu jako ośrodka nauki szyitów. W roku 868 gubernatorem miasta został Mofleḥ. W tym okresie do Komu sprowadzili się Alidzi. Istnieją wzmianki o bliskich kontaktach między nimi, a Ahmadem Ashari Qomi, przedstawicielem jedenastego imama Hasana al-Askariego i administratorem sanktuarium Fatimy. Od 895-96 historia Komu związana była z rodziną tureckich dowódców wojskowych z armii kalifa Al-Mu’tadida, w tym gubernatora Beruna.