Mimo że życzył sobie spoczynku „tam, gdzie ptaki śpiewają nade mną”, pochowano go na cmentarzu przy szwedzkim kościele w Filadelfii.
Ukończenie ósmego tomu i redakcję dziewiątego tomu American Ornithology nadzorował do 1814 roku George Ord, jeden z wykonawców testamentu Wilsona, który do dziewiątego tomu dołączył krótki życiorys autora. Łącznie dzieło przedstawiło 268 gatunków ptaków, z których 26 wcześniej nie opisano.
Upamiętnienie mały|Pomnik Wilsona przy Dzieło Wilsona stosunkowo szybko ustąpiło w odbiorze publicznym wydawanym od 1827 roku Birds of America Johna Jamesa Audubona, jednak jego ilustracje ptaków w naturalnych pozach były inspiracją dla Audubona i kolejnych przyrodników. W rodzinnym Paisley wzniesiono pomnik Wilsona na terenie opactwa, a nad brzegiem rzeki Cart umieszczono tablicę z napisem upamiętniającym jego związek z miastem.
Na cześć Wilsona Charles-Lucien Bonaparte nazwał rodzaj lasówek Wilsonia (nazwa dziś nieużywana, zsynonimizowana z Setophaga). Jego imię nosi również kilka gatunków ptaków oraz czasopismo „The Wilson Journal of Ornithology” i wydające je .