30 kwietnia 2021 roku Blue Origin i Dynetics złożyły protesty do Government Accountability Office (GAO), twierdząc, że NASA nieprawidłowo oceniła część ofert i powinna była wybrać więcej niż jednego dostawcę. Tego samego dnia NASA wstrzymała prace i finansowanie objęte kontraktem SpaceX do czasu rozstrzygnięcia protestów. 30 lipca 2021 roku GAO odrzuciło protesty, stwierdzając, że NASA nie naruszyła prawa zamówień publicznych, a oferta SpaceX była tańsza i bardziej zaawansowana technicznie.
Spór przeniósł się również na grunt polityczny. W maju 2021 roku senator Maria Cantwell ze stanu Waszyngton, w którym mieści się siedziba Blue Origin, zgłosiła do ustawy Endless Frontier Act poprawkę nakazującą NASA ponowne otwarcie konkursu HLS i wybór drugiego lądownika oraz upoważniającą do wydania dodatkowych 10 mld dolarów. Senator Bernie Sanders skrytykował ją jako „wielomiliardowy ratunek dla Bezosa”, ponieważ pieniądze trafiłyby najpewniej do Blue Origin. Senat przyjął ustawę wraz z poprawką 8 czerwca 2021 roku, choć wydanie tych pieniędzy wymagało jeszcze osobnej ustawy budżetowej.