Sztuczna inteligencja w grze pozwala przeciwnikom poruszać się, korzystać z osłon, używać granatów i wycofywać się po otrzymaniu znacznych obrażeń.
Fabuła Gra rozpoczyna się od operacji HALO w kolumbijskiej dżungli, gdzie Red Team zostaje schwytany i zabrany do pobliskiego miasta kontrolowanego przez paramilitarną milicję. Connors ucieka i uwalnia resztę Red Team, który następnie kontynuuje swoją misję zniszczenia fabryki narkotyków. Po ukończeniu misji i pojmaniu barona narkotykowego Mandela, Red Team udaje się na lądowisko, jednak Foley zostaje, by osłaniać ewakuację reszty zespołu i jest schwytany przez milicję. Ponownie pojawi się on w grze Conflict: Denied Ops jako więzień (postać niegrywalna).
Zespół otrzymuje zastępczego snajpera, Carrie Sherman. Drużyna w zmienionym składzie zostaje wysłana z misją ochrony senatora Jacka Maguire’a podczas jego misji dyplomatycznej w Korei Południowej, a następnie na Ukrainę, aby zabezpieczyć fabrykę pestycydów, w której produkowany jest sarin, później do Czeczenii, aby przejąć zbiorniki z gazem od czeczeńskich rebeliantów i pomóc Orłowowi, rosyjskiemu agentowi, w dotarciu do tajnych baz wojskowych, a wreszcie do Egiptu, do obozu terrorystów, aby unieszkodliwić wszystkie systemy przeciwlotnicze i oznaczyć laserowo bunkier dowodzenia w celu przeprowadzenia ataku powietrznego.