Fundacja dzieli współczesne programy na trzy szerokie obszary: ocean, ląd i relacje społeczności wysp z przyrodą. W programach morskich mieszczą się między innymi badania różnorodności morskiej, rekinów, żółwi morskich, ptaków morskich, mangrowców i zarządzania oceanem. Programy lądowe obejmują ochronę roślin zagrożonych, odtwarzanie siedlisk suchych, lasy Scalesia, ptaki lądowe, żółwie olbrzymie oraz zwalczanie skutków gatunków inwazyjnych. Trzecia grupa działań obejmuje edukację, rybołówstwo zrównoważone, odnowę terenów miejskich i wiejskich oraz sposoby korzystania z zasobów wysp przy ograniczaniu presji na środowisko.
Szczególne znaczenie mają kolekcje historii naturalnej. Według kalendarium fundacji kolekcje te rozwinęły się z zielnika utworzonego w pierwszych latach działania stacji i obejmują wieloletni zapis bioróżnorodności Galapagos, używany w badaniach taksonomii, specjacji, rozmieszczenia gatunków i zmian środowiskowych. Fundacja podaje, że kolekcje tworzą zasób obejmujący ponad 135 tysięcy okazów należących do około 7500 gatunków.