Takie ujęcie dobrze działa w praktyce laboratoryjnej i w większości zastosowań fizyki, ale staje się problematyczne wtedy, gdy próbuje się opisać cały Wszechświat jako pojedynczy układ kwantowy. W takim przypadku nie da się już łatwo odwołać do zewnętrznego zegara znajdującego się „poza” opisywanym systemem.
Czas w ogólnej teorii względności thumb|W ogólnej teorii względności rozkład masy i energii zakrzywia czasoprzestrzeń; czas jest częścią tej dynamicznej struktury, a nie niezależnym tłem. W ogólnej teorii względności czas nie pełni roli uniwersalnego, absolutnego tła. Jest współokreślany przez strukturę czasoprzestrzeni, a jego pomiar zależy od ruchu obserwatora oraz pola grawitacyjnego. Równania teorii są formułowane w języku czasoprzestrzeni i nie uprzywilejowują jednego globalnego parametru czasowego, który byłby wspólny dla wszystkich obserwatorów.
W konsekwencji to, co w mechanice kwantowej jawi się jako zewnętrzny parametr, w relatywistycznym opisie grawitacji staje się częścią samej dynamiki. Ta różnica jest jednym z głównych źródeł problemu czasu: mechanika kwantowa i ogólna teoria względności przypisują czasowi odmienne role formalne i ontologiczne.