była tutaj siedziba klucza gołkowickiego włości Klarysek starosądeckich.
Wieś w latach 1579–1582 była dzierżawiona przez Prokopa Pieniążka a w 1606 r. przez Sebastiana Lubomirskiego. We wrześniu 1770 r. zajęta została przez wojska austriackie i włączona do Królestwa Węgierskiego, a w 1773 r. do Galicji.
Od 1782 r. stanowiła własność austriackiego skarbu państwa (tzw. Kamery). W latach 1784–1820 osadzono tutaj 37 rodzin niemieckich kolonistów. Zmieniono wówczas nazwę wsi na Gołkowice Niemieckie (Deutsch Golkowitz). Ewangeliccy mieszkańcy należeli do parafii ewangelickiej w Stadłach.
Do 1933 r. była to gmina jednowioskowa. W latach 1933–1954 należała do gminy zbiorowej Stary Sącz-Wieś. W czasie okupacji niemieckiej wieś ponownie zwała się Deutsche Golkowitz. W latach 1955–1972 była siedzibą GRN Gołkowice Dolne. Od 1973 r. jest sołectwem Miasta i Gminy Stary Sącz. W latach 1975–1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa nowosądeckiego.
Herb wsi przedstawia na tarczy w polu błękitnym złoty krzyż łaciński nad którym jest złota pięciopałkowa korona. Pod krzyżem skrzyżowane dwie gałązki (laurowe?).