Jego najważniejszą partnerką życiową była , z którą związał się szczególnie blisko w ostatnich latach życia.
Śmierć thumb|Grób Morrisona w Paryżu Pamela Courson, wyjechawszy w ślad za swym francuskim kochankiem, od którego kupowała narkotyki, namówiła Morrisona do porzucenia zespołu i wyjazdu do Paryża. Wkrótce później został znaleziony martwy w wannie we własnym mieszkaniu; oficjalnie zmarł na atak serca. W chwili śmierci miał 27 lat, przez co zalicza się go do Klubu 27.
Nie przeprowadzono sekcji zwłok Morrisona. Okoliczności śmierci artysty od początku były źródłem licznych spekulacji. Najbardziej prawdopodobna wydaje się teoria, że zmarł z powodu przedawkowania heroiny, którą miał spożyć, myląc z kokainą. Mógł też umrzeć w klubie Rock n’ Roll Circus, w którym, według właściciela lokalu, miał przebywać muzyk w ostatnich chwilach swojego życia. Według tej wersji miał on zostać wyniesiony z klubu i zaniesiony do domu, co miało ukryć prawdziwą przyczynę śmierci.
Marianne Faithfull stwierdziła natomiast, że Morrisona nieumyślnie zabił jej partner i diler narkotykowy, który podał „zbyt mocne” narkotyki Morrisonowi.