Więziona w więzieniu Pankrac w Pradze, następnie w Lipsku, Budziszynie i Berlinie, została ostatecznie w 1942 r. skazana na 12 lat więzienia. Irena Bernášková, kierująca wydawaniem pisma, została skazana na karę śmierci i stracona.
Do końca II wojny światowej Milada Marešova odbywała karę w kobiecym więzieniu w Waldheim. W więzieniu nie przestała rysować, pozostawiając liczne podobizny współwięźniarek i strażniczek. Wolność odzyskała 7 maja 1945 r.
Po wojnie, dotknięta śmiercią swojego dawnego przyjaciela, a być może również partnera Arnego Laurina, na pewien czas zaprzestała malowania. Swoje wspomnienia z więzienia spisała w książce Waldheimska idylla, utrzymanej w bliskiej jej konwencji groteski. Wstąpiła do Komunistycznej Partii Czechosłowacji, ale nie tworzyła dzieł socrealistycznych, jakich rządząca od 1947 r. partia oczekiwała od artystów. Do malarstwa powracała sporadycznie, już po tym, gdy socrealizm przestał być stylem obowiązującym. Pracowała natomiast cały czas jako ilustratorka książek dla dzieci. Odeszła z partii w 1969 r. w proteście przeciwko stłumieniu reform Praskiej Wiosny.