Kolejny z wielu najazdów tatarskich przyniósł hekatombę – w powiecie krasnostawskim na 84 wsie spalono 18, a 13 wsi opustoszało całkowicie (np. Suche Lipie i Piaski Szlacheckie)W. Czarnecki, Rozwój sieci osadniczej Ziemi Chełmskiej w latach 1451 do 1510, "Rocznik Chełmski", T. 5, s. 9-59.. W Gorzkowie Tatarzy także dokonali wielu spustoszeń – w 1517 roku notuje się już tylko jedną karczmę. W 1623 ówczesny nawrócony na katolicyzm dziedzic wsi – Stanisław Gorzkowski – wybudował na terenach z obszaru wsi Gorzkowa opisanych w akcie fundacyjnym złożonym w Krasnostawskim Sądzie Ziemskim nowy kościół murowanyJ. Górak, Miasta i miasteczka Zamojszczyzny, Zamość 1990..
Upadek Rzeczypospolitej w II połowie XVII w., ciągłe wojny i najazdy, zarazy i klęski pogodowe spowodowały znaczne wyludnienie i upadek gospodarczy również GorzkowaK. Stołecki, Krasnystaw – rys historyczny, wyd. 2 poszerzone, Puławy-Lublin 2008, ..
Świetność okolicy próbował odbudować Jan Sobieski, który po swych przodkach odziedziczył tereny ziemskie w Gorzkowie, a często wypoczywał w swym majątku w pobliskich Pilaszkowicach. W 1689, już jako król Polski Jan III Sobieski, nadał wsi Gorzków prawa miejskie.