Występowanie Krystaliczny apatyt występuje prawie we wszystkich skałach magmowych. Jest najpospolitszym fosforanem na Ziemi. Duże koncentracje apatytu znajdują się w pewnych partiach rud magnetytowych. Apatyt jest częstym składnikiem pegmatytów, nelsonitów, skarnów, utworów pneumatolitycznych i żył hydrotermalnych i typu alpejskiego. Najładniejsze okazy spotykane są w druzach jako szczotki krystaliczne oraz w pustkach skał wulkanicznych (geody). Występuje również w aluwiach, skałach metamorficznych, utworach osadowych (fosforyty, konkrecje, płaskury lub warstwy) i skałach okruchowych (np. żwiry, piaski, margle). Apatyty pochodzenia osadowego tworzą się wskutek reakcji guana ze skałami węglanowymi lub na drodze chemicznej czy nagromadzenia kości kręgowców w środowisku wodnym. Szczególnie duże okazy występują w Kanadzie (do 70 cm długości) i USA (do 25 cm). Największy oszlifowany apatyt ma masę 147 kg (pochodzi z Kenii, jest żółtozielony). Współwystępuje z nefelinem, egirynem, tytanitem, cyrkonem, wezuwianem – w skałach magmowych;