Wyróżnia się dwie główne linie genetyczne wirusa:
typ amerykański (Lineage 2, wcześniej PRRSV-2) - występuje również w Azji typ europejski (Lineage 1, wcześniej PRRSV-1).
W obrębie genotypu 1 (PRRSV-1) wyodrębniono dalsze podtypy. Klasyczne szczepy PRRSV-1 krążące w Europie Środkowej i Zachodniej (w tym w Polsce) grupuje się w podtypie 1, natomiast u wschodnich sąsiadów Polski opisano genetycznie odmienne, nowsze podtypy 2 i 3 (m.in. w Rosji, na Litwie, Łotwie i Białorusi). Wskazywano również na możliwość istnienia co najmniej jednego dodatkowego podtypu (określanego jako podtyp 4) w tym samym regionie Europy Wschodniej. W badaniach eksperymentalnych wykazywano, że szczepy zaliczane do wschodnioeuropejskich podtypów 2 i 3 mogą charakteryzować się wyższą patogennością w porównaniu z „klasycznymi” szczepami podtypu 1.
Oba główne genotypy PRRSV wykazują znaczną zmienność genetyczną i antygenową, co utrudnia diagnostykę, profilaktykę i kontrolę zakażeń, w tym uzyskanie szerokiej ochrony krzyżowej po szczepieniach. Zwracano uwagę, że w Europie znaczna część wykryć genotypu 2 dotyczy szczepów pochodzenia szczepionkowego.