W czasie wojny polsko-krzyżackiej, zwanej trzynastoletnią (1454-1466), Giedajty (jako wieś warmińska) zostały spalone przez wojska krzyżackie. W czasie kolejnej wojny z lat 1519-1521 nie ucierpiała i nie było ziemi opuszczonej i ugorowanej. W grudniu 1574 kapituła warmińska przekazała sołtysowi Lorenzowi Beuthowi dwie dodatkowe włóki, wcześniej należące do jednego z chłopów czynszowych. Roczny czynsz ustalono w wysokości jednej grzywny. Pod koniec XVI wieku w Giedajtach zagospodarowanych było 21 włók (łanów), do sołtys należało pięć, pozostałe były uprawiane przez chłopów czynszowych. W tym czasie całkowita wysokość podatku płaconego przez wieś wynosiła 18 grzywien i 15 groszy, ponadto w naturze 32 kury warte łącznie dwie grzywny i 24 grosze. W roku 1556 wystawiono odnowiony przywilej lokacyjny, a także w 1630 kolejny raz. W 1656 r. we wsi było trzech sołtysów (jednym z nich był Grzegorz Lora), trzech wolnych gospodarzy i tyluż chłopów czynszowych. Na prośbę sołtysa Jerzego Lora wieś otrzymała 21 włók czynszowych, trzy włoki wolne od czynszu oraz jedna włokę lasu. Uprawiano łącznie 18 włók (dwie były opuszczone), z których aż 10 należało do wolnych. Roczny podatek wyznaczono w wysokości 66 florenów, 26 kur i 13 gęsi. Wolni uiszczali opłatę rekognicyjną w wysokości 2,5 funta wosku.