Problemy definicyjne i pojęcia pokrewne Zwracano uwagę, że termin „patobiont” bywa stosowany niejednoznacznie: nie istnieją powszechnie przyjęte, uniwersalne kryteria jego użycia, a etykietowanie taksonów jako „patobiontów” bywa oparte na samej asocjacji z chorobą, bez wykazania związku przyczynowego. Podkreślano też, że część drobnoustrojów określanych jako patobionty może w innych okolicznościach pełnić funkcje korzystne dla gospodarza.
W literaturze proponowano również alternatywne ujęcia, m.in. koncepcję „potencjału patogennego” (pathogenic potential) jako sposobu opisu zdolności drobnoustroju do wywoływania choroby w określonych warunkach gospodarza i ekspozycji.
Czynniki sprzyjające ujawnieniu chorobotwórczości W literaturze podkreślano, że warunki sprzyjające „wirulencji” patobiontów obejmują m.in. upośledzenie mechanizmów obronnych gospodarza oraz zmianę składu mikrobioty (np. po antybiotykoterapii). W kontekście IBD wskazywano na współdziałanie czynników genetycznych, środowiskowych i mikrobiologicznych, a także trudność w ustalaniu zależności przyczynowych u ludzi (np. odróżnienie przyczyny dysbiozy od jej skutków).