W maju 1610, wbrew opatce, Katharina z kilkoma innymi mniszkami, pochowała zmarłego brygidianina. Wkrótce potem, 23 października 1610, decyzją komisji biskupiej Dorothea Sparlings został usunięta ze stanowiska, a Katharinę Engelsdorf mianowano na matkę przełożoną klasztoru gdańskiego. Jednak matce Dorothei Sparlings sprzyjająca protestancka rada miejska w Gdańsku 19 października 1610 usunęła siłą Katharinę Engelsdorf wraz z dwiema innymi zakonnicami z klasztoru. Wygnane brygitki znalazły schronienie w klasztorze cystersów w Oliwie. Wkrótce, 23 listopada, 8 innych brygidek, w tym 3 ze Szwecji, dołączyło do nich, uznając Katharinę Engelsdorf za legalną matkę przełożoną. Od kwietnia 1611 mniszki zamieszkały w klasztorze sióstr norbertanek w Żukowie. Dopiero po śmierci przełożonej Dorothey Sparlings w dniu 21 marca 1612 roku, Katharina Engelsdorf został 19 kwietnia za wiedzą biskupa włocławskiego i pomorskiego Wawrzyńca Gembickiego uroczyście wprowadzona do klasztoru, zostając jego matką przełożoną. 20 października 1614 została konsekrowana ksienią (opatką) gdańskiego klasztoru brygidek.