Haiti stało się wówczas drugim po Stanach Zjednoczonych niepodległym państwem na zachodniej półkuli.
W nowym państwie Dessalines obwołany został dożywotnim gubernatorem generalnym, a 22 września 1804 jako Jakub I ogłosił się cesarzem Haiti. Został koronowany 8 października 1804 roku. Rządzone przez niego cesarstwo miało ogromne kłopoty wewnętrzne, wynikłe przede wszystkim z trudnej sytuacji gospodarczej. Dotychczasowe plantacje, na których pracowali niewolnicy, zostały uwłaszczone, co w dalszej perspektywie wywołało międzynarodowy skandal i silne naciski mocarstw kolonialnych, by spłacić wywłaszczonych właścicieli ziemskich.
W kraju tymczasem narastało niezadowolenie z okrutnych rządów Dessalinesa. W wymierzonym przeciwko niemu spisku udział wzięli między innymi Henri Christophe oraz Alexandre Pétion. Jakub I został zamordowany przez swoich żołnierzy 17 października 1806 w miejscowości Pont-Rouge (Czerwony Most), niedaleko Port-au-Prince. Dziś miejsce to, znajdujące się na peryferiach haitańskiej stolicy, upamiętnia pomnik Dessalinesa.
Zabójstwo Dessalinesa doprowadziło do napięć między kreolską i afrykańską ludnością Haiti, a w konsekwencji do podziału państwa na dwie części, północną i południową.