Gatunek ten wykazuje dużą tolerancję ekologiczną i zasiedla różnorodne środowiska wodne. Występuje w rzekach (zarówno nizinnych, jak i górskich), jeziorach, bagnach, lasach namorzynowych, a także w strefach przybrzeżnych i na wyspach morskich, o ile ma dostęp do słodkiej wody. Spotykany jest od poziomu morza aż do wysokości 3000 m n.p.m., a w niektórych przypadkach odnotowano jego obecność nawet na wysokościach rzędu 3885–4000 m n.p.m. w Andach.
Wydrak długoogonowy preferuje siedliska z bogatą roślinnością nadbrzeżną, która zapewnia schronienie i miejsca do odpoczynku. Jako kryjówki wykorzystuje naturalne zagłębienia wśród kamieni, przestrzenie pod korzeniami drzew, jaskinie, a także samodzielnie wykopane nory. Chociaż jest wrażliwy na degradację środowiska, potrafi przetrwać w obszarach przekształconych przez człowieka, takich jak kanały irygacyjne, zbiorniki zaporowe czy tereny rolnicze (np. pastwiska z zachowanymi fragmentami lasu). W niektórych regionach, jak np.