Historia Wieś lokowana na prawie chełmińskim przez biskupa warmińskiego Jan Stryprocka 14 maja 1358 roku, który swojemu krewnemu Henrykowi Flemingowi z Wusen zapisał 50 włók ziemi. W przywileju lokacyjnym zobowiązano zasadźcę do wybudowania kościoła. Pierwszym właścicielem wsi był Heinrich Fleming von Wusen, który w podarunku od biskupa otrzymał las. Nazwa wsi pochodzi od imienia pierwszego właściciela – Fleming.
Za czasów biskupa warmińskiego Franciszka Kuhschmalza (1424–1457) kościół był filią kościoła w Radostowie (Freundenberg). Prawdopodobnie uległ zniszczeniu w czasie wojen, ponieważ brak go w wykazie parafii z końca XV w. Nowy kościół wybudowano pod koniec XVI w., a konsekrował go dn. 25 września 1580 roku, ku czci św. Marii Magdaleny, biskup warmiński Marcin Kromer. Kościół ten został rozebrany w 1870 r. Obecny budynek kościoła pochodzi z XIX w., konsekrowany 2 lipca 1873 roku przez biskupa Filipa Krementza. Samodzielna parafia we Frączkach została utworzona przez biskupa Andrzeja Thiela w dniu 21 stycznia 1905 roku.
W roku 1615 Ludwik Sokołowski zapisał 19 włók kolegiacie w Dobrym Mieście. W 1783 we wsi było 35 domów. W 1818 we wsi mieszkały 274 osoby, w 1939 – 403 osoby, w 1998 – 288. W plebiscycie z roku 1920 wszystkie głosy oddano za Prusami Wschodnimi.