I Rzeczpospolita Filipów powstał z połączenia dawniejszych wsi Szembelewo i Dowspuda. Wioski te zostały założone w głębi puszczy pojaćwieskiej w początkach XVI wieku przez bojarów litewskich, braci Szembelów, którzy otrzymali nadanie tych ziem od Zygmunta Starego w 1513. Osady leżały naprzeciw siebie nad rzeką Filipówką w pobliżu jej ujścia do Rospudy. Szembelowie nie rozwinęli jednak szerszej akcji osadniczej i przed 1541 dobra wróciły do króla.
Filipów był jednym z pierwszych miast magdeburskich w tej części kraju. Prawa miejskie (tzw. magdeburskie) otrzymał w 1570 za panowania Zygmunta Augusta. Aczkolwiek miasteczko Filipów założono między 1562 a 1567 rokiemT. Naruszewicz, Administracja miejska Filipowa i Przerośli w XVIII wieku, "Civitas et Lex" 2025, nr 3 (47), s. 26-27 [w:] https://czasopisma.uwm.edu.pl/index.php/cel/article/view/11386/8481.
Na mocy przywileju królewskiego miasto otrzymało: herb z przedstawieniem raka prawo do trzech jarmarków rocznie prawo do cotygodniowego targu (w każdy poniedziałek) zwolnienie mieszczan od opłat: prętowego, pomiernego i targowego. Dochód z tego ostatniego miał być przeznaczony na budowę ratusza.