Eleonora schroniła się u ojca, a między rodami Lobkowiczów i Schwarzenbergów rozpoczęła się ostra korespondencyjna wojna.
W tym czasie Adam Franciszek zdobył na dworze cesarskim znaczącą pozycję i nie mógł sobie pozwolić na utrzymywanie żony na wygnaniu. W 1711 roku przyjął więc Eleonorę z powrotem, wyznaczając jej na siedzibę podupadły zamek w Chrzestowicach. Dopiero z nadejściem zimy mogła przenieść się do zamku Hluboká nad Wełtawą, jednak i tam była stale obserwowana przez służbę, która musiała raportować wszystko mężowi. Wiedeń pozostawał dla niej zakazany. Choć pojawiały się doniesienia o licznych kochankach odwiedzających sypialnię Adama, z czasem relacje między małżonkami zaczęły się poprawiać. Adam coraz częściej odwiedzał zamek Hluboká, gdzie na nowo odżyło życie towarzyskie, zwłaszcza podczas polowań i gonitw, które oboje bardzo lubili.
Poprawę stosunków potwierdzają następne lata. W 1719 roku zmarła bezdzietna Maria Ernestyna z Eggenbergu, a cały jej majątek odziedziczył Adam Franciszek, stając się jednym z najbogatszych arystokratów Europy Środkowej.