We wrześniu 2024 BBC przeprosiło Abbington po potwierdzeniu niektórych jej zarzutów dotyczących werbalnego zastraszania i nękania, jednocześnie oczyszczając Pernice z poważniejszych oskarżeń o agresję fizyczną
Życie prywatne Abbington była partnerką Martina Freemana, którego poznała na planie filmu Men Only w 2000 roku. Para występowała razem w produkcjach takich jak The Debt, The Robinsons, The Good Night i Sherlock. Mają syna Joego i córkę Grace, mieszkali w Potters Bar w hrabstwie Hertfordshire przed rozstaniem w 2016 roku. W wywiadzie dla podcastu Full Disclosure Abbington przyznała, że rozstanie było dla niej bardzo trudne i rozważała samobójstwo, czując się „bałaganem" i „nienawidząc siebie". Mimo rozstania, para utrzymuje dobre relacje i współpracowała na planie serialu Sherlock.
W maju 2022 ogłoszono, że Abbington zaręczyła się z byłym iluzjonistą i kaskaderem Jonathanem Goodwinem. Para poznała się przez Twitter w 2012 roku i zaczęła spotykać się pod koniec 2021 roku. Goodwin oświadczył się w ciągu 30 minut od ich pierwszej randki w Wiedniu. W 2021 Goodwin uległ poważnemu wypadkowi podczas próby kaskaderskiej do programu America's Got Talent: Extreme w Atlancie, w wyniku którego doznał paraliżu od pasa w dół i pozostaje na wózku inwalidzkim.