Gdy w latach 60. XIX wieku proboszczem został Gustav Trautenberger, doszło do napięć między wiernymi czesko- i niemieckojęzycznymi. Sprzeciwił się on powołaniu kalwińskiego wikariusza dla czeskich parafian, w związku z czym byli oni zmuszeni dojeżdżać na nabożeństwa do wsi Nosislav. W 1894 rozpoczęli oni budowę własnego kościoła przy dzisiejszej ulicy Pellicovej (), a pierwsze nabożeństwo odprawiono tam 23 maja 1895. Czerwony kościół pozostał z kolei niemieckojęzyczny.
Po II wojnie światowej świątynia przeszła w ręce czeskiego zboru, a 20 maja 1945 odprawiono tu pierwsze nabożeństwo w języku czeskim. Regularne nabożeństwa zaczęto tu odprawiać w 1946 roku, po ukończeniu niezbędnego remontu. Świątyni nadano imię Jana Amosa Komeńskiego, a 3 maja 1958 wpisano ją na listę zabytków. W latach 1975–1990 kościół był nieczynny z powodu uszkodzeń wywołanych przez wody gruntowe, wyremontowano go dzięki wsparciu finansowemu ze strony Ministerstwa Kultury i Urzędu Miasta Brna. W 1989 roku wspólnocie przekazano budynek dawnej niemieckiej szkoły ewangelickiej, który przekształcono w nową plebanię.