Praca naukowa Zainteresowania badawcze Kamila Zajączkowskiego koncentrują się wokół problemów: stosunków międzynarodowych, polityki zagranicznej i bezpieczeństwa UE, roli i pozycji UE w świecie, pomocy rozwojowej. Jest on autorem kilkudziesięciu publikacji naukowych poświęconych tej tematyce, w tym autor monografii: Misje cywilne i operacje wojskowe Unii Europejskiej w perspektywie wybranych teorii stosunków międzynarodowych i integracji europejskiej, współautor monografii: Potencjał gospodarczy i możliwości rozwojowe Afryki. Polska perspektywa, współredaktor 6 prac zbiorowych, w tym m.in.: Unia Europejska. Istota, szanse, wyzwania.
Ostatnio wydane: redaktor (wraz z J. Zielonką) numeru specjalnego kwartalnika „Studia Europejskie- Studies in European Affairs” 2025, no 1 dotyczącego pozycji UE w zmieniającym się świecie (https://journalse.com/1-2025/). Uczestnik (jako prelegent, moderator i organizator) ponad 100. międzynarodowych i krajowych konferencji/seminariów naukowych.
Wykładał na uczelniach europejskich i azjatyckich, m.in.