Budynek dworu był użytkowany do czasów zniszczenia go w połowie wieku XVII prawdopodobnie przez wojska moskiewskie w 1655 lub węgierskie Rakoczego w 1657 roku w czasie Potopu szwedzkiego. W lustracji z 1662 roku został opisany jako opuszczony, który pełni rolę spichlerza. W całkowitą ruinę popadł w XVIII wieku. W latach 2006–2007 przeprowadzono w jego miejscu wykopaliska archeologiczne pod kierunkiem Haliny Karwowskiej, które odkryły pozostałości dworu oraz pozwoliły na poznanie jego rozplanowania i programu użytkowegoKarwowska H., Andrzejewski A. Rezydencja Sapiehów w Dubnie II, Muzeum Podlaskie w Białymstoku, Instytut Archeologii UŁ, Białystok 2007, .
Dzieje późniejsze
W następnych dziesięcioleciach po zrujnowaniu dworu Sapiehów wybudowano w nieodległym miejscu dwór drewniany, z którego zarządzano folwarkiem wchodzącym w skład dóbr Boćki. W 1737 roku Wojciech Wessel zbudował w folwarku murowane stodoły. Folwark po Sapiehach w końcu XVIII wieku przejęli Potoccy, którzy wybudowali w Dubnie jedną z pierwszych w Polsce cukrowni. W 1844 roku nowym właścicielem dworu został Dionizy Sakowicz. Ostatnim właścicielem dworu i folwarku był Henryk Rogowski. Folwark rozprzedano do 1915 roku, a zabudowania dworskie zaoranoKarwowska H., Andrzejewski A.