U południowych brzegów zatoki, wśród przyjaznych mu Huronów, którym 4 lata wcześniej wysyłał nastoletnich chłopców, Francuzów, jako czeladników na tłumaczy, Champlain spędził zimę. Powrócił drogą przez Niagarę oraz jezioro Ontario.
W 1615 na skutek jego namów na teren Nowej Francji do nawracania Indian i życia w ich społecznościach przybyli katoliccy misjonarze: franciszkanie i jezuici. Różnie to się kończyło, na co wskazuje zaistnienie kościołów katolickich pod wezwaniem męczenników kanadyjskich.
W czasie wojny angielsko-francuskiej, która wybuchła w roku 1626, dostał się – po długim oblężeniu Quebecu – do niewoli angielskiej, w której przebywał w latach 1628–1629, po czym zezwolono mu powrócić do Francji. Po podpisaniu traktatu pokojowego w Saint-Germain-en-Laye (1633) Kanada została przyznana Francji, a Champlain otrzymał stanowisko pierwszego gubernatora.
Jako gubernator ustanowił pierwszy kanadyjski Order Dobrej Otuchy (fr. Ordre de Bon Temps) – do dziś przyznawany przez gubernatorów Nowej Szkocji. Był kawalerem Połączonych Zakonów Rycerskiego i Szpitalnego Św. Łazarza z Jerozolimy i Królewskiego Najświętszej Marii Panny z Góry Karmel.
Samuel de Champlain zmarł w Kanadzie.