W niektórych więzieniach przeprowadzano egzekucje – zarówno zbiorowe, jak i indywidualne.
W czerwcu 1941 roku, po rozpoczęciu niemieckiego ataku na ZSRR, Sowieci przystąpili do pośpiesznej likwidacji więźniów politycznych, chcąc zapobiec ich uwolnieniu przez Niemców. Ofiarą tzw. masakr więziennych w lecie 1941 roku padło prawdopodobnie od 10 do 30 tys. osób, które przetrzymywano w więzieniach i aresztach na Kresach Wschodnich.
Terror NKWD na terenach okupowanych
Od pierwszych dni okupacji władze sowieckie stosowały systematyczny i brutalny terror wobec ludności podbitych ziem. Początkowo był on wymierzony przede wszystkim w Polaków. Ofiarą aresztowań padali pracownicy aparatu państwowego II Rzeczypospolitej – w tym oficerowie WP i policjanci, działacze społeczni i polityczni, osoby uznawane za wrogów klasowych, prawdziwi i domniemani współpracownicy polskiego ruchu oporu, osoby złapane podczas prób nielegalnego przekroczenia granicy, osoby odmawiające przyjęcia obywatelstwa ZSRR, a także osoby oskarżane o przestępstwa gospodarcze lub naruszenie „socjalistycznej dyscypliny pracy”.