Wiele spośród jego znalezisk zostało zaprezentowanych w Królewskim Towarzystwie Archeologicznym (Royal Archaeological Society) oraz opisanych w tamtejszym periodyku „Archeological Journal” w artykule Charlesa Johna Spurrella.

W latach 1892–1933 Petrie był pierwszym profesorem w katedrze Archeologii i Filologii Egipskiej w University College w Londynie. Została ona ufundowana przez Amelię Edwards, sympatyczkę Petriego, wspierającą go w jego pracy. Po objęciu profesury nadal prowadził badania w Egipcie, jednocześnie kształcąc młodych adeptów, wśród których znalazło się wielu znanych później archeologów. Jego studentkami były m.in. egiptolog i antropolog Margaret MurrayAdam Anczyk, Kobieta-legenda na tropie legend. Życie i dziedzictwo Margaret Alice Murray (1863–1963), [w:] Czarownice. Studia z kulturowej historii fenomenu, red. A. Anczyk, J. Doroszewska, K.M. Hess, Katowice 2017, s. 52. oraz archeolog Gertruda Caton-Thompson.

W 1913 Petrie sprzedał swą kolekcję egipską University Collage w Londynie. Utworzono z niej Muzeum Petrie’go (Petrie Museum of Egyptian Archeology). W 1926 wyjechał z Egiptu do Palestyny, gdzie nadal prowadził prace badawcze i wykopaliskowe.

Zmarł w 1942 w Jerozolimie i został pochowany na protestanckim cmentarzu na górze Syjon.