Około 400 roku p.n.e. miasto stało się jednym z kluczowych ośrodków w południowej Gwatemali. Zaczęły pojawiać się pierwsze monumentalne rzeźby, kamienne platformy i stele. Wzrosła również liczba miejsc obróbki obsydianu w porywaniu do sąsiednich osad, co świadczy o rosnącym znaczeniu miasta w wymianie surowców.
W okresie klasycznym El Baúl wraz z Bilbao i El Castillo tworzyło centrum kultury Cotzumalhuapa. Wzniesiono akropol, dwie kamienne drogi o długości ponad 2 km łączące wszystkie ośrodki, a także mosty i system zbiorników wodnych. Na stelach i ołtarzach pojawiły się wczesne formy hieroglifów i reliefów.
Po 900 roku n.e. miasto zaczęło podupadać w wyniku wewnętrznych napięć, braku gruntów uprawnych oraz zmian klimatycznych. Budowle popadły w ruinę, a część z nich została zasypana warstwami pyłu wulkanicznego, co z jednej strony utrudniło ich odkrycie, a z drugiej ochroniło przed erozją.