Od października 1939 roku w jego mieszkaniu odbywały się spotkania osób przynależących do Grunwaldu, a po 16 kwietnia i do listopada 1940 roku mieściła się kwatera konspiracyjna komendanta Okręgu Pomorze ZWZ mjr. Józefa Ratajczaka ps. „Karol”, „Karolczak”. Dalkowski zajmował się również przerzucaniem do Włocławka osób zagrożonych więzieniem oraz wojskowych, pragnących dalej walczyć przeciwko Niemcom. Przerzucone osoby były przejmowane przez brata Dalkowskiego Franciszka, który mając niemieckie dokumenty osobiste pomagał zagrożonym oraz wojskowym uciec do Francji. Wraz z Wacławem Ciesielskim wydawał niskonakładowe pismo konspiracyjne „Wolna Polska”. 5 listopada 1939 roku, po przekształceniu Grunwaldu w powstańczą organizację konspiracyjną, Dalkowski został zastępcą komendanta pionu wojskowego, mjr. rez. Marcelego Cerklewicza ps. „Bończa”, „Paszota”.