Parkes na stanowisko trenera powrócił w październiku 1996 roku, zaledwie 18 miesięcy od ligowego triumfu i odejścia Dalglisha z klubu. Przejął stery do końca sezonu, kończąc serię bez zwycięstwa w lidze, utrzymując Rovers w Premier League. W listopadzie 1999 roku został trenerem po raz czwarty, sześć miesięcy po spadku drużyny z najwyższej klasy rozgrywkowej. Zastępował na tej posadzie zwolnionego Roya Hodgsona, który z drużyną zdołał zaledwie zająć 19. miejsce w tabeli First Division. Stanowisko trenera zajmował cztery miesiące, aż do przyjścia Graeme'a Sounessa do klubu, którego sam został asystentem.
Kiedy Souness odszedł we wrześniu 2004 roku na rzecz Newcastle United, Parkes ponownie tymczasowo objął tą posadę, do czasu mianowania na trenera Marka Hughesa. Anglik opuścił klub po 34 latach w listopadzie 2004 roku, kiedy Hughes zrezygnował z jego usług w celu skompletowania nowego sztabu szkoleniowego. Parkes skrytykował klub, mówiąc, że o zwolnieniu z klubu dowiedział się od córki, która usłyszała o tym w radiu.