Założone w podobnym okresie sąsiednie miejscowości posiadają nazwy patronimiczne – jak na przykład Jankowice od imienia Jan.
Ćwiklice pod staropolską nazwą Czwiklicze figurują na mapie autorstwa Abrahama Orteliusa z 1603 roku. Słownik geograficzny Królestwa Polskiego wydany pod koniec wieku XIX podaje polską nazwę miejscowości Ćwiklice oraz niemiecką CwiklitzĆwiklice - Słownik geograficzny Królestwa Polskiego.
Historia Miejscowość została po raz pierwszy wzmiankowana w spisie świętopietrza parafii dekanatu Oświęcim diecezji krakowskiej z 1326 pod nazwą Czviclicz.
Według spisu z 1869 roku w miejscowości mieszkało 1643 katolików, 10 ewangelików oraz 5 izraelitów.
W styczniu 1945 r. przez Ćwiklice przeszły marsze śmierci z obozów Auschwitz-Birkenau na stację kolejową do Wodzisławia ŚląskiegoP. Cywiński, Marsz Śmierci w pamięci ewakuowanych więźniów Auschwitz, Oświęcim 2016, s. 66..